Регулирование рыболовства на оз. Ильмень началось после проведенных Н.Я. Данилевским исследований в 1860-1870 гг. По его рекомендациям были полностью запрещены забойки и запоры на озерах и разливах приильменской поймы и невода с мелкой ячеей. В результате этих мер в промысле через 30 лет был достигнут оптимальный количественный и качественный состав ихтиофауны с общим выловом 2,5-3,5 тыс. тонн, из которого крупный частик составлял до 35%, снеток – до 25%. Доля «полезных» хищников достигала 26%.
До 1913 г. рыбное хозяйство в Новгородской губернии переживало бурный подъем. Новгородское губернское земство при ближайшем участии О.А. Гримма первое из всей Российской империи обратило внимание на искусственное рыбоводство, улучшение промысла, экономическое положение рыболовного населения. Оно первое приступило к исследованию своих водоемов, учредив две должности инструктора по рыбоводству.
В 1920-е годы в связи со строительством Волховской ГЭС, П.Ф. Домрачевым проводились значительные рыбохозяйственные исследования на оз. Ильмень и р. Волхов. В послереволюционный период в результате плохо контролируемого промысла количественный и качественный состав уловов на оз. Ильмень значительно ухудшился.
В 1936 г. на основании научно-исследовательских работ ВНИОРХ (ныне ГОСНИОРХ) по руководством П.А. Дрягина были предприняты срочные меры по регулированию рыболовства на оз. Ильмень.
В послевоенный период (1946-1948 гг.) ВНИОРХ продолжил свои исследования на оз. Ильмень. Однако ученые из Ленинграда не имели возможности проводить детальные ресурсные исследования на многочисленных водоемах Новгородской области, что обусловило создание нового филиала ВНИОРХа. Одним из главных инициаторов создания отделения был П.В. Тюрин.
На основании постановления Совета Министров СССР от 10 марта 1948 г. за № 91, 1 октября 1948 г. было организовано отделение ВНИОРХа в г. Новгороде, поскольку в богатой озерами и реками Новгородской области назрела необходимость проведения более глубоких научных исследований для решения рыбохозяйственных вопросов. На первом этапе все силы отделения были брошены на исследования малых озер, что позволило за два года провести паспортизацию более 600 озер региона.
По инициативе П.В. Тюрина в сентябре 1968 г. оз. Ильмень становится базой для экспериментальных исследований ГосНИОРХ по разработке основных принципов регулирования рыболовства на внутренних водоемах. По результам этих работ подготовлена "Методика определения естественной смертности рыб" (автор П.В. Тюрин), которая не потеряла актуальности до настоящего времени.
С 1975 г. проходил второй этап исследований оз. Ильмень – изучение влияния нового режима рыболовства на состояние рыбных запасов. Под руководством известного ученого д.б.н. Юрия Трофимовича Сечина была разработана методика определения абсолютной численности рыб на оз. Ильмень при помощи траловой съемки. На основании полученных научных данных определялись лимиты вылова для наиболее ценных видов рыб. Благодаря новому подходу к научным исследованиям совершенствовались методы по определению коэффициентов естественной, промысловой и общей смертности рыб.
В 80-е гг., кроме оценки состояния запасов, сотрудниками Новгородского отделения ГосНИОРХ проводилась исследования по оценке кормовой базы озер и прудов, повышения их продуктивности, биотехники получения оплодотворенной икры судака и инкубации ее в естественных водоемах, выращивания посадочного материала.
С 1991 по 2005 г. заведующим Новгородской лабораторией был к.б.н. А.Ю. Асанов. В период экономических реформ количество добывающих организаций на оз. Ильмень возросло до 42. Это потребовало возобновить ежегодные осенние гидробиологические съемки, проведение которых было прервано в 1981-1983 или осуществлялось эпизодически, внедрять новые методы и способы регулирования рыболовства. В этот период в связи с созданием «Национального парка «Валдайский» проводились гидробиологические и ихтиологические исследования наиболее важных водоемов парка с целью рационального использования биоресурсов в условиях охраняемых территорий.
В 90-х гг. большое внимание стало уделяться оценке влияния хозяйственной деятельности, как добыча песка, дноуглубительные работы, строительство мостов и т.д., на водные экосистемы Новгородской области. Наиболее крупные проекты, где оценивался ущерб рыбным запасам – это строительство высокоскоростной магистрали Москва-С Петербург, строительстве новой ГРЭС на р. Холова, разработках месторождений песка в оз. Ильмень и его бассейне.
В настоящий период наряду с исследованиями о состоянии запасов рыб оз. Ильмень и малых водоемах Новгородской области, их продукционных возможностей, оценке ущербов рыбным запасам Новгородское отделение проводит экосистемные и ресурсные исследования на оз. Ильмень и водных объектах региона с целью снижения антропогенного воздействия.